Исправленный ЭСЧФ всегда аннулирует показатели ранее выставленного ЭСЧФ. Для корректировки без аннулирования применяется дополнительный ЭСЧФ (п. 10, 11 ст. 131 НК, ч. 2 п. 30 Инструкции N 15).

Дополнительный ЭСЧФ выставляется для корректировки показателей ранее выставленного ЭСЧФ, не требующей аннулирования показателей. Если требуется аннулирование сведений, либо выставляют исправленный ЭСЧФ, либо делают аннулирование ранее выставленного ЭСЧФ (ч. 1 п. 11 ст. 131 НК).

Для дополнительных сведений или комментариев в ЭСЧФ предназначена специальная строка 31 «Дополнительные сведения». В ней в том числе указывается причина создания исправленных и дополнительных ЭСЧФ (ч. 2 подп. 25.2 Инструкции N 15).

ЭСЧФ является основанием для принятия суммы НДС к вычету у контрагента. Ошибка в УНП получателя влечет невозможность применения такого вычета. Кроме того, налоговыми органами «ошибочный» ЭСЧФ может рассматриваться как источник представленных недостоверных сведений. Исправить ошибку с УНП получателя через выставление исправленного ЭСЧФ не получится. Все потому, что в исправленном ЭСЧФ можно изменить многие сведения, но только не УНП получателя. Для исправления ошибки нужно аннулировать имеющийся ЭСЧФ и выставить новый исходный с правильным УНП получателя (ч. 1 п. 1, ч. 1 подп. 10.1 ст. 131, п. 5 ст. 132 НК, ч. 3 п. 30 Инструкции N 15).

Дополнительный ЭСЧФ может быть выставлен в том числе к исправленному ЭСЧФ (ч. 2 п. 29 Инструкции N 15).

Если ранее выставленный ЭСЧФ был подписан двумя сторонами сделки, то он аннулируется при наличии согласия покупателя, которое выражается подписанием ЭСЧФ электронной цифровой подписью (ч. 3 подп. 10.2 ст. 131 НК, ч. 6 п. 30 Инструкции N 15).

Сумму корректировки налоговой базы и суммы НДС указывают при создании дополнительного ЭСЧФ. Исправленный же ЭСЧФ должен содержать новые показатели по НДС, включая нулевые (абз. 2 ч. 2 подп. 10.2 п. 10, абз. 1 ч. 3 п. 11 ст.131 НК).

Согласие на аннулирование потребуется только если исправленный ЭСЧФ, сведения которого аннулируются, был подписан контрагентом-получателем. Если же на момент аннулирования исправленный ЭСЧФ не был подписал контрагентом-получателем, то такой ЭСЧФ может быть аннулирован стороной, его создавшей, в одностороннем порядке (ч. 5, 6 п. 30 Инструкции N 15).

При аннулировании исходного ЭСЧФ дополнительный ЭСЧФ со ссылкой на исходный также автоматически аннулируется  (ч. 8 п. 29 Инструкции N 15).

По общему правилу сторона, создавшая ЭСЧФ, может его аннулировать. Но выставленный комитентом ЭСЧФ, суммы НДС из которого комиссионер перевыставил покупателю, можно аннулировать только после того, как комиссионер аннулирует ЭСЧФ с перевыставленными покупателю суммами НДС (ч. 2, 3 п. 28 Инструкции N 15).